การจัดแสดงนิทรรศการในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ สตูล แบ่งการจัดแสดงและพื้นที่ส่วนบริการรวม 10 ห้องดังนี้ ห้องที่ 1 ห้องข้อมูลข่าวสาร เป็นห้องสำหรับบริการอ่านหนังสือและค้นคว้าข้อมูล บริการชุมชน ภายในห้องมีตู้และชั้นวางหนังสือ โต๊ะ เก้าอี้อ่านหนังสือสำหรับผู้มาใช้บริการ ห้องที่ 2 ห้องภูมิหลังเมืองสตูล จัดแสดงเรื่องราวภูมิหลังเมืองสตูลด้านต่างๆ เช่น สภาพภูมิศาสตร์ ธรณีวิทยา เรื่องราวสมัยก่อนประวัติศาสตร์ เหตุการณ์สำคัญในอดีตของเมืองสตูล วิถีชีวิตของชนกลุ่มน้อยซาไกและเรื่องราวของเกาะตะรุเตา โดยการจัดแสดงโบราณวัตถุที่พบจากแหล่งโบราณคดีในจังหวัดสตูล ตัวอย่างทรัพยากรแร่ของจังหวัดและฉากจำลองเหตุการณ์สำคัญ ห้องที่ 3 ห้องประชาสัมพันธ์ สำหรับรับฝากของ จำหน่ายบัตรเข้าชม พิพิธภัณฑสถาน จำหน่ายหนังสือและของที่ระลึก ห้องที่ 4 ห้องวิถีชีวิตชาวสตูล จัดแสดงวิถีชีวิตชาวสตูลในด้านต่างๆ ได้แก่ ชีวิตชาวเลที่เกาะหลีเป๊ะ การปั้นหม้อ-เผาหม้อแบบโบราณที่บ้านควนโดน ชีวิตชาวประมงที่ปากบารา โดยการจัดแสดงด้วยสื่อต่างๆ ประกอบด้วยหุ่นจำลองแสดงภาพวิถีชีวิต เครื่องฉายวีดิทัศน์พร้อมระบบเสียง ห้องที่ 5 ห้องจัดแสดงนิทรรศการชั่วคราว ใช้ในการจัดแสดงผลงานนิทรรศการต่างๆ พร้อมการบรรยายหรือการแสดง ห้องที่ 6 ห้องบ้านเจ้าเมือง จัดแสดงอัตชีวประวัติของพระยาภูมินารถภักดี เจ้าเมืองสตูล ผู้สร้างคฤหาสน์กูเด็น จัดแสดงแบบเครื่องเรือน เป็นข้าวของเครื่องใช้ตามแบบที่พระยาภูมินารถภักดีเคยใช้ แสดงเป็นมุมต่างๆ เช่น มุมห้องนอน มุมพักผ่อน และมุมห้องทำงาน เป็นต้น ห้องที่ 7 ห้องเรือนชานชาวบ้านสตูล จัดแสดงแบบบ้านจำลองชาวบ้านสตูล โดยจัดแสดงให้เห็นวิถีชีวิตชาวบ้านด้านต่างๆ เช่น ห้องครัว ห้องอาหาร ห้องนอน ห้องแต่งตัว เป็นต้น ห้องที่ 8 ห้องรับแขกร่วมสมัยกูเด็น จัดแสดงชุดรับแขกร่วมสมัยคฤหาสน์กูเด็น โดยสร้างขึ้นใหม่ตามรูปแบบเดิม ห้องที่ 9 ห้องวัฒนธรรมชาวไทย-มุสลิมในสตูล จัดแสดงตู้หุ่นจำลองแสดงการละเล่นของชาวไทยมุสลิม ตู้หุ่นจำลองแสดงภาพโรงเรียนปอเนาะ มุมจัดแสดงห้องละหมาด พิธีการเข้าสุนัต หุ่นจำลองพิธีกินเหนียว (แต่งงาน) ห้องที่ 10 ส่วนชั้นดาดฟ้าและ Cafeteria เป็นส่วนจำหน่ายอาหารว่างและเครื่องดื่ม