กรมศิลปากรเริ่มสำรวจขุดแต่งโบราณสถานในจังหวัดปราจีนบุรีตั้งแต่ พ.ศ. 2508 และค้นพบโบราณวัตถุจำนวนมาก เป็นประโยชน์ในการศึกษาค้นคว้าและวิจัยประวัติศาสตร์ และโบราณคดีของเมืองปราจีนบุรี พ.ศ. 2515 ศาสตราจารย์ น.อ.สมภพ ภิรมย์ ร.น. อดีตอธิบดีกรมศิลปากร ได้เดินทางไปหารือกับจังหวัดปราจีนบุรี เรื่องการจัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติส่วนภูมิภาคตะวันออกที่จังหวัดปราจีนบุรี จังหวัดปราจีนบุรีได้เสนอแนะให้ปลูกสร้างในที่ดินราชพัสดุ ติดกับศาลจังหวัดปราจีนบุรี กรมอาชีวศึกษาได้มอบที่ดินเนื้อที่ 5 ไร่ 3 งาน 78 ตารางวา กรมศิลปากรได้ตั้งงบประมาณโครงการก่อสร้างอาคารและจัดแสดงรวมเป็นเงิน 7,766,568.- บาท (เจ็ดล้านเจ็ดแสนหกหมื่นหกพันห้าร้อยหกสิบแปดบาทถ้วน) แบ่งออกเป็น 3 ระยะ คือ ระยะที่ 1            พ.ศ. 2518 - 2520 ถมที่ดินเตรียมพื้นที่ และก่อสร้างอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กสูง 2 ชั้น พื้นที่กว้าง 18 x 18 เมตร งบประมาณ 2,000,000.- บาท ระยะที่ 2            พ.ศ. 2522 - 2525 ก่อสร้างบ้านพักข้าราชการและเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัย สร้างสาธารณูปโภค ครุภัณฑ์ รวมทั้งการจัดแสดง งบประมาณ 1,543,068.- บาท ระยะที่ 3          พ.ศ. 2526 - 2528 ก่อสร้างห้องบรรยาย ห้องอเนกประสงค์เพิ่มเติมให้เต็มตามรูปแบบ และปรับปรุงบริเวณลานจอดรถ งบประมาณ 4,223,500.- บาท สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเปิดพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติปราจีนบุรี เป็นทางการ เมื่อวันที่ 22 เมษายน 2528 ต่อมาพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี ได้รับงบประมาณซ่อมแซมปรับปรุงอาคารและบริเวณ ตามรายการดังนี้       1.  ก่อสร้างถนนคอนกรีตเสริมเหล็ก กว้าง 6 เมตร ยาว 216 เมตร เป็นเงิน 766,590.34 บาท       2.  ซ่อมปรับปรุงอาคารพิพิธภัณฑ์และก่อสร้างหอถังน้ำ โดยมีรายละเอียดซ่อมและทาสีฝ้าเพดาน ขนย้ายถังน้ำ รื้อหลังคาไม้เดิม ติดตั้งโครงหลังคาเหล็ก ก่อสร้างถังน้ำ หอถังน้ำ ติดตั้งเครื่องสูบน้ำ งบประมาณ 1,320,360.78 บาท       3.  ซ่อมปรับปรุงอาคารพิพิธภัณฑ์และก่อสร้างถนนคอนกรีต โดยมีรายละเอียดดังนี้ ก่อสร้างต่อเติมหลังคาคลุมอาคารห้องประชุม (ชั้นเดียว) ติดตั้งรางน้ำฝน ท่อระบายน้ำ ก่อสร้างถนนคอนกรีตและลานจอดรถ คอนกรีตเสริมเหล็ก เดินสายไฟฟ้า ติดตั้งสวิทซ์ ปลั๊ก แผงควบคุมไฟฟ้า และโคมไฟ ทาสีอาคารพร้อมติดตั้งเครื่องปรับอากาศจำนวน 15 เครื่อง เป็นเงินทั้งสิ้น 3,046,600.- บาท ปีงบประมาณ 2540 ได้รับงบประมาณซ่อมปรับปรุงอาคาร ซ่อมฝ้าเพดาน ประตู ทำหลังคาด้านหน้าห้องประชุม เปลี่ยนกระจก ปรับปรุงห้องน้ำรับรอง ติดตั้งถังน้ำบำบัดน้ำเสีย ทาสีอาคาร ปรับพื้นป้อมยาม เป็นเงิน 489,616.- บาท ปีงบประมาณ 2542 ได้รับงบประมาณปรับปรุงอาคาร การจัดแสดงและสภาพภูมิทัศน์ดังนี้ ปรับปรุงสภาพภูมิทัศน์ ลานที่จอดรถ ซ่อมพื้นอาคาร ซ่อมและจัดทำตู้จัดแสดงเพิ่ม งานระบบภาพและเสียง (มัลติมีเดีย) เป็นเงิน 1,467,000.- บาท พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี เป็นพิพิธภัณฑสถานประเภทประวัติศาสตร์และโบราณคดีประจำภูมิภาคตะวันออกของไทย จัดแสดงโบราณวัตถุพบในจังหวัดปราจีนบุรี สระแก้ว นครนายก ฉะเชิงเทรา ชลบุรี จันทบุรี ระยอง และตราด มีห้องจัดแสดงนิทรรศการถาวร ชั้นล่าง 3 ห้อง ชั้นบน 5 ห้อง รวม 8 ห้อง