ห้องที่ 1 
จัดแสดงศิลปะโบราณคดีภาคตะวันออก พบในจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดสระแก้ว ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ถึงศิลปะลพบุรี

พระพุทธรูปปางสมาธิ หินทราย ศิลปะทวารวดี อายุพุทธศตวรรษที่ 12 พบในบ่อน้ำหน้าอาคารรอยพระพุทธบาท โบราณสถานสระมรกต อำเภอศรีมโหสถ จังหวัดปราจีนบุรี

เศียรนาคประกอบเครื่องราชยานคานหาม สำริด ศิลปะลพบุรี อายุพุทธศตวรรษที่ 18 พบที่เมืองศรีมโหสถ อำเภอศรีมโหสถ จังหวัดปราจีนบุรี

 พระพุทธรูปยืนปางประทานธรรม หินทราย ศิลปะทวารวดี อายุพุทธศตวรรษที่ 12 - 14 ได้จากอำเภอศรีมโหสถ จังหวัดปราจีนบุรี

พระนารายณ์ หินทราย ศิลปะแบบเทวรูปรุ่นเก่า ปลายพุทธศตวรรษที่ 12 - ต้นพุทธศตวรรษที่ 13 พบจากการขุดแต่งโบราณสถานหมายเลข 25 เมืองศรีมโหสถ อำเภอศรีมโหสถ จังหวัดปราจีนบุรี

ห้องที่ 2 
ห้องนครนายก จัดแสดงโบราณวัตถุพบที่จังหวัดนครนายกตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ พบที่ตำบลเขาเพิ่ม อำเภอบ้านนา โบราณวัตถุได้จากการขุดค้นเมืองดงละคร อำเภอเมือง จังหวัดนครนายก สมัยทวารวดีถึงสมัยอยุธยา

ลูกปัดหินคาร์เนเลี่ยน ศิลปะทวารวดี อายุประมาณ 1,400 ปี พบจากการขุดค้นและขุดแต่งเมืองดงละคร อำเภอเมือง จังหวัดนครนายก

ขวานสำริดแบบมีบ้อง สำริด สมัยก่อนประวัติศาสตร์ อายุประมาณ 5,000 - 3,000 ปี พบบริเวณตำบลเขาเพิ่ม อำเภอบ้านนา จังหวัดนครนายก

เศียรพระพุทธรูปกะไหล่ทอง สำริดกะไหล่ทอง ศิลปะทวารวดี อายุพุทธศตวรรษที่ 14 - 16 พบบริเวณนอกเมืองดงละคร อำเภอเมือง จังหวัดนครนายก

กระปุก 2 หู เคลือบสีเขียว ศิลปะจีน สมัยราชวงศ์หยวน อายุพุทธศตวรรษที่ 16 - 17 ผลิตที่เตาหลงฉวน มณฑลเจ้อเจียง พบจากการขุดค้นทางโบราณคดีที่เมืองดงละคร อำเภอเมือง จังหวัดนครนายก

ห้องที่ 3 
ห้องปราสาทเขาน้อย จัดแสดงโบราณวัตถุพบจากการบูรณะขุดแต่งปราสาทเขาน้อย อำเภออรัญประเทศ จังหวัดสระแก้ว

ศิวลึงค์พร้อมฐานโยนิ หินทราย ศิลปะลพบุรีร่วมสมัยศิลปะเขมรก่อนเมืองพระนคร อายุพุทธศตวรรษที่ 14

ทับหลัง ริม 2 ข้างจำหลักมกรยืนบนแท่น มีวงกลมรูปไข่คั่น 3 วง ตรงกลางวงกลมรูปไข่สลักรูปบุคคล ด้านล่างวงโค้งสลักรูปพวงมาลัยกับพวงดอกไม้ หินทรายสีขาว ศิลปะเขมรก่อนเมืองพระนครแบบสมโบร์ไพรกุก อายุ พ.ศ. 1150 - 1200 พบจากการขุดแต่งด้านทิศเหนือของปรางค์องค์ทิศเหนือ

ทับหลัง จำหลักรูปมกร 2 ข้าง คายวงโค้งออกมา ระหว่างวงโค้งมีรูปไข่ 3 วง ภายในวงรูปไข่มีลายรูปสัตว์อยู่ตรงกลาง เหนือมกรมีรูปบุคคลขี่อยู่ด้านบน ใต้มกรมีบัลลังก์รองรับ ใต้วงโค้งมีลายพวงมาลัยและพวงอุบะ ศิลปะเขมรก่อนเมืองพระนครแบบสมโบร์ไพรกุก อายุ พ.ศ. 1150 - 1200 ทำจากหินทรายสีขาว พบที่ปรางค์องค์กลาง

ทับหลัง จำหลักด้านข้าง 2 ข้าง เป็นรูปสิงห์มีเขาเหมือนวัวยืนบนแท่น ระหว่างสิงห์ทั้งสองมีวงโค้งทอดอยู่ ปลายทั้งสองของวงโค้งขมวดเข้าด้านใน ระหว่างวงโค้งมีวงกลมรูปไข่ 5 วง สลักรูปนกอยู่ภายใน ใต้วงโค้งมีลายพวงมาลัย ทำจากหินแกรนิตสีเทา ศิลปะเขมรก่อนเมืองพระนครแบบไพรกเม็ง อายุ พ.ศ. 1180 - 1250 พบจากการขุดแต่งด้านทิศใต้ของปรางค์องค์ทิศเหนือ