เจดีย์จุลประโทน เป็นโบราณสถานสมัยทวารวดีที่สำคัญแห่งหนึ่ง เชื่อกันว่า สถานที่ตั้งเจดีย์องค์นี้ คือบริเวณกลางเมืองโบราณนครปฐมที่เจริญขึ้นในราวพุทธศตวรรษที่ 12-16 ลักษณะเป็นเจดีย์ก่ออิฐสอดิน แผนผังเป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสย่อมุม และมีการก่อสร้างต่อเติมส่วนที่เป็นลานประทักษิณในระยะต่อมา 2 ครั้ง จากการดำเนินงานของกรมศิลปากรได้พบหลักฐานทางโบราณคดีหลายอย่างที่สำคัญ ได้แก่ภาพปูนปั้นและดินเผาเล่าเรื่องชาดกในพุทธศาสนา ซึ่งใช้ประดับตกแต่งฐานประทักษิณของเจดีย์ ภาพเหล่านี้นอกจากแสดงถึงอิทธิพลของลัทธิศาสนาที่แพร่หลายอยู่ในขณะนั้นแล้ว ยังเป็นหลักฐานที่สามารถนำมาใช้ในการศึกษาประวัติศาสตร์และโบราณคดีสมัยทวารวดีได้เป็นอย่างดี