เมื่อมีการปรับปรุงการบริหารราชการแผ่นดินเป็นระบบมณฑลเทศาภิบาล ได้โปรดฯให้รวมเมืองนครชัยศรี สาครบุรี และสุพรรณบุรี โดยยกฐานะขึ้นเป็นมณฑลนครชัยศรีในพ.ศ. 2438 มีที่ทำการมณฑลอยู่ที่เมืองนครชัยศรี ต่อมาในพ.ศ. 2441 โปรดฯให้ย้ายเมืองนครชัยศรี จากตำบลท่านามาอยู่ ณ บริเวณองค์พระปฐมเจดีย์ ซึ่งขณะนั้นยังเป็นพื้นที่รกร้าง ที่ทำการราชการในระยะแรก ต้องอาศัยอยู่ในระเบียงและวิหารทิศขององค์พระปฐมเจดีย์ จึงได้โปรดฯ ให้พัฒนาพื้นที่โดยวางผังเมืองใหม่ สร้างอาคารที่ทำการ และตัดถนนต่างๆขึ้น อีกทั้งมีการตัดรถไฟสายใต้ผ่านมณฑลนครชัยศรีในขณะนั้น ทำให้บ้านเมืองพัฒนาขึ้น และผู้คนย้ายเข้ามา ตั้งบ้านเรือนอยู่บริเวณโดยรอบพระปฐมเจดีย์มากขึ้น