ที่ตั้งของนครปฐมในปัจจุบันนั้นเดิมเป็นชายฝั่งชายทะเล พบว่ามีการอยู่อาศัยของมนุษย์ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ โดยหลักฐานทางโบราณคดีที่พบระหว่างการก่อสร้างถนนมาลัยแมน เช่น เครื่องมือหิน เศษภาชนะดินเผา และเครื่องมือการเกษตร ทำให้สันนิษฐานได้ว่าชุมชนก่อนประวัติศาสตร์ที่เคยตั้งถิ่นฐานอยู่บริเวณนี้เมื่อราว 3000 ปีก่อน เป็นชุมชนแบบเกษตรกรรม มีการตั้งบ้านเรือนอยู่เป็นหลักแหล่ง รู้จักการดำรงชีวิตด้วยการเพาะปลูก เลี้ยงสัตว์