นับเป็นเวลากว่า 20 ปีมาแล้วที่ได้มีการดำเนินการศึกษา ค้นคว้าวิจัยทางโบราณคดีใต้น้ำที่ได้เริ่มขึ้นเมื่อปี 2517 ในการดำเนินงานสำรวจขุดค้นใต้น้ำในแหล่งโบราณคดีแต่ละแห่ง ทำให้มีจำนวนโบราณวัตถุเพิ่มมากขึ้น การเตรียมการจัดตั้งพิพิธภัณฑสถานเพื่อเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับการทำงานโบราณคดีใต้น้ำและการพาณิชย์นาวีของไทย จึงเป็นงานสำคัญที่จะต้องดำเนินการเป็นลำดับต่อมา ประกอบกับการจับกุมชาวต่างชาติที่เข้ามาทำการลักลอบงมโบราณวัตถุใต้ทะเลบริเวณอ่าวไทย นับเป็นแรงกระตุ้นสำคัญที่ทำให้คนไทยตระหนักถึงอีกมุมหนึ่งของมรดกทางวัฒนธรรมของชาติที่พบอยู่ในท้องทะเล ซึ่งจะเป็นหลักฐานที่ช่วยในการค้นหาความเป็นมาและบอกเล่าถึงเรื่องราวทางเศรษฐกิจ การพาณิชย์นาวีในอดีต  ด้วยเหตุนี้ กรมศิลปากรจึงมีนโยบายเร่งด่วนในการจัดสร้างพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวี เพื่อเป็นสถานที่รวบรวม อนุรักษ์ ศึกษา และจัดแสดงด้านการพาณิชย์นาวี โดยได้รับงบประมาณในการดำเนินการในปี พ.ศ. 2537 ณ จังหวัดจันทบุรี  ในปีเดียวกันนี้ทางคณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติประจำจังหวัดทุกจังหวัด เพื่อเป็นสถานที่เอื้ออำนวยประโยชน์ในด้านการศึกษาประวัติความเป็นมาของสังคม เศรษฐกิจ ธรรมชาติวิทยา วิถีชีวิตและวัฒนธรรมของท้องถิ่นโดยตรง กรมศิลปากรจึงจัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติประจำจังหวัดจันทบุรีขึ้น และได้ผนวกโครงการดังกล่าวไว้เป็นส่วนหนึ่งของพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พาณิชย์นาวี