ประเภทการจัดแสดง ภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวี ได้แบ่งการจัดแสดงออกเป็น 6 ห้อง ด้วยกัน คือ 1. ห้องจัดแสดงสินค้าและวิถีชีวิตชาวเรือ 2. ห้องแนะนำปฏิบัติการโบราณคดีใต้น้ำ 3. ห้องคลังเก็บโบราณวัตถุ 4. ห้องแสดงเรือและชีวิตชาวเรือ 5. ห้องของดีเมืองจันท์ 6. ห้องบุคคลสำคัญ ในแต่ละห้องจะมี computer touch screen เพื่อการศึกษาด้วยตนเอง นอกจากนี้ยังมีห้องสมุดเพื่อการศึกษาค้นคว้า ห้องฉายวีดีโอ ห้องประชุม และเพื่อให้ผู้พิการสามารถเข้าชมและใช้บริการได้ ทางพิพิธภัณฑ์จึงมีสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ เช่น ทางลาด ทางเลื่อนไฟฟ้า เพื่อความสะดวกในการเข้าชม  โบราณวัตถุที่จัดแสดง  โบราณวัตถุที่ใช้ในการจัดแสดงภายในพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติ พาณิชย์นาวี เป็นโบราณวัตถุจากแหล่งเรือจมในอ่าวไทย และโบราณวัตถุที่ได้จากการขุดค้นทางโบราณคดีในเขตจังหวัดจันทบุรี ฉาบ สังคโลก สังคโลก 2 ใบ ไห 4 หู