ปัจจุบัน พิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติ กำแพงเพชร อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ที่ 5 สุโขทัย สำนักโบราณคดี และพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติกรมศิลปากร กระทรวงศึกษาธิการ