พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา  อยู่ในความดูแลของ สำนักโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่ 3   พระนครศรีอยุธยา กรมศิลปากร กระทรวงศึกษาธิการ