จัดแสดงในลักษณะของพิพิธภัณฑ์ที่อยู่ในแหล่งอนุสรณ์สถาน คือ จัดแสดงโบราณวัตถุ ศิลปวัตถุที่พบในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา  และจากการขุดแต่งบูรณะโบราณสถาน ซึ่งจัดแสดง 3 อาคาร คือ           อาคารจัดแสดง 1   แบ่งการจัดแสดงเป็น 2 ชั้น                 ชั้นล่าง                               ห้องโถงกลาง                               ห้องเครื่องปั้นดินเผา และเครื่องถ้วย                                ห้องเงินตรา                  ชั้นบน                                 ห้องวัดมหาธาตุ                               ห้องโถงกลาง                                ห้องราชบูรณะ           อาคารจัดแสดง  2            อาคารจัดแสดง  3