พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ไชยา เป็นหน่วยงานของรัฐ สังกัดสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่ 11 นครศรีธรรมราช ขึ้นตรงต่อสำนักโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ กรมศิลปากร กระทรวงศึกษาธิการ