พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ บ้านเก่าเป็นพิพิธภัณฑ์ที่เกิดขึ้นขากพิพิธฑภัณฑ์ยุคก่อนประวัติศาสตร์  บ้านเก่า  หลังจากที่มีการขุดค้นทางโบราณคดีที่บ้านเก่า  กรมศิลปากรได้จัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ  ในบริเวณที่เคยเป็นที่พักแรมระหว่างการขุดค้นริมฝั่งแม่น้ำแควน้อย  ใกล้โรงเรียนท่าโป๊ะ  ห่างจากแหล่งขุดค้น  400  เมตร เป็นอาคารไม้ชั้นเดียว ขนาดเล็ก เพื่อเก็บรักษาและจัดแสดงโบราณวัตถุที่ได้จากการขุดค้น  นับว่าเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่สร้างขึ้นในแหล่งขุดค้นทางโบราณคดีสมันก้อนประวัติศาสตร์แห่งแรกในประเทศไทย

ต่อมา พ.ศ.2530  กรมศิลปากรได้รับงบประมาณจากโครงการเร่งรัดฟื้นฟูการขยายตัวทางเศรษฐกิจ  มาก่อสร้างอาคารหลังใหม่   ในบริเวณเดียวกัน  และนำเอาโบราณวัตถุจากอาคารเดิม  และจากพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ และจากพิพิธภัณฑสถาณแห่งชาติ พระนคร รวมทั้งโบราณวัตถุที่ได้จากการสำรวจขุดค้นใหม่ในจังหวัดกาญจนบุรี  และใกล้เคียงมาจัดแสดง